Тяжелое время для ГРЭС — 1990-е годы.
Спад промышленности, банкротство и дальнейшая ликвидация Райчихинского стекольного и Амурского светотехнического заводов, парниково-тепличного комбината «Прогресс» и других предприятий.
Электроэнергии, вырабатываемой Зейской ГЭС, стало достаточно для всего Приамурья. Производить её на тепломеханическом оборудовании Райчихинской ГРЭС, работающем в режиме технологического минимума, стало невыгодно.
Позже была построена и Бурейская ГЭС. Электрической энергии оказалось в избытке.