- река Зея в районе ул. Октябрьской — Рабочей, Благовещенск;
- река Зея, пос. Зазейский;
- река Зея, с. Белогорье;
- озеро Владимировское № 3, Благовещенск;
- озеро Владимировское № 4, Благовещенск;
- плотина пгт. Магдагачи;
- река Магдагачи, пгт. Магдагачи;
- река Зея, г. Зея;
- озеро ремзавод, Райчихинск.
Места отдыха, где качество воды не соответствует требованиям санитарных правил по микробиологическим показателям:
- река Зея в районе санатория «Василек», Мухинка;
- озеро на территории ЛОУ, оздоровительный лагерь «Прометей», Тамбовка;
- озеро Карьерное в районе с. Нижние Бузули, Свободненский район;
- водохранилище, с. Петруши, Шимановский район;
- обводненный карьер, с. Красноярово, Мазановский район;
- пруд Белава, с. Петруши, Шимановский район;
- озеро Жестянка, Свободный.
Также, по результатам исследований в воде Чигиринского водохранилища (с. Чигири Благовещенского района) обнаружены зрелые цисты дизентерийной амебы, в воде водохранилища пос. Снежногорский Зейского района обнаружены яйца гельминтов (жизнеспособные яйца аскариды).